A Jira-ban a felhasználók kezelhetik a feladatokat, a hibajegyeket és a folyamatokat az alkalmazásfejlesztés teljes életciklusa alatt.. A felhasználó fejlettebb workflow-k segítségével kezelheti a jegyek állapotait. Több fejlesztési modell használható:: vízesés, SCRUM, Kanban. A Jira képes egymással különböző függőségek alapján összekapcsolni a jegyeket , valamint rögzíti egy adott jeggyel eltöltendő és ténylegesen eltöltött időt, így többek között követhetővé válik a csapatok teljesítménye is.